2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。
2005年以良好成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。
2009年学校以优异成绩全国第三家通过国家教育部中医学专业试点认证。
2011年，安徽省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。
2013年，经中国教育部批准，安徽中医学院升格更名为安徽中医药大学 。
2014年，学校成为安徽省高等教育振兴计划第二批“地方特色高水平大学建设”项目立项建设高校。
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办学条件
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师资力量
截至2021年10月，学校有教职工4474人，其中副高以上职称人员961人。有国医大师2人，岐黄学者1人，全国名中医2人，青年岐黄学者2人，皖江学者1人，青年皖江学者1人，国家名老中医学术经验项目指导教师56人，享受国务院特殊津贴26人、省政府特殊津贴12人，安徽省高校领军人才5人，安徽省学术与技术带头人16人、后备人选13人，安徽省中医药领军人才11人，安徽省领军人才团队3个，博士生导师90人，硕士生导师725人，博士后流动工作站2个。有来自国内外的64名知名专家学者担任学校客座教授。2020年新增省“115”产业创新团队8个。[1]学科建设
学校1978年开始招收硕士研究生，1981年首批获硕士学位授权，1999年开始联合培养博士研究生，2008年获得开展硕士研究生推荐免试资格，2013年被教育部批准为博士学位授予单位。
截至2014年12月，学校有2个一级学科博士学位授予点，4个一级学科硕士学位授予点、25个二级学科硕士学位授予点、4个硕士专业学位授权点，5个博士生联合培养基地。有17个国家中医药管理局重点建设学科、1个省级重中之重学科，12个省级重点建设学科，7个卫生部国家临床重点专科，21个国家中医药管理局重点建设专科、23个安徽省中医药重点专科。
一级学科博士学位授予点：中医学、中药学
一级学科硕士学位授予点：中医学、中药学、中西医结合、药学
硕士专业学位授权点：临床医学、中药学、药学、工程（制药工程）教学建设
安徽中医药大学是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地、硕士研究生推荐免试单位。2005年以良好成绩通过国家教育部本科教学工作水平评估，2009年学校以优异成绩通过国家教育部中医学专业试点认证。
质量工程截至2014年12月，学校有国家教育部高等学校特色专业5个、省级特色专业3个、安徽省教学改革示范专业4个，1门国家级精品课程、16门省级精品课程。有2个国家级精品资源共享课程，1个国家级实验实训示范中心，3个省级实验实训示范中心，1个省级人才培养创新试验区。
2009——2014年，学校先后获国家级、省级质量工程项目100余项，国家级教学成果奖2项、省级教学成果特等奖2项、一等奖7项。学校还举办了新安医学教改实验班，在临床专业建立客观化结构考试中心。
国家教育部高等学校特色专业：中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、中药学、药学
省级特色专业：应用心理学、中西医临床医学、药学
安徽省教学改革示范专业：中药学、中医学、康复治疗学、国际经济与贸易（医药贸易）
省级人才培养创新试验区：校-师承教育与区域特色相结合的中医学人才培养模式创新实验区[4]
国家级实验实训示范中心：中药类实验教学中心[4]
省级实验实训示范中心：药学类专业综合技能示范实习实训中心、临床技能综合实训及OSCE中心、针灸康复实验实训中心[4]
国家级精品资源共享课程：中医基础理论、方剂学[4]返回搜狐，查看